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Une étude récente a montré que le séquençage métagénomique de nouvelle génération (mNGS), développé par BGI Genomics, permet de détecter les agents infectieux pulmonaires avec une précision bien supérieure à celle des méthodes microbiologiques traditionnelles.
Contrairement aux tests microbiologiques conventionnels (CMTs), qui reposent sur la culture, la microscopie ou des PCR ciblées, le mNGS offre une approche beaucoup plus large et rapide. Il permet en effet d’identifier en quelques jours des pathogènes rares ou atypiques tels que Pneumocystis jirovecii ou certains virus herpétiques, ce qui s’avère crucial pour orienter rapidement le traitement.
L’étude montre que le mNGS a permis de détecter des agents pathogènes dans 86 % des cas, contre seulement 67 % avec les tests classiques. Il a identifié 59 types de bactéries, 18 champignons, 14 virus et 4 pathogènes particuliers, alors que les CMTs n’en détectaient que 28 au total. Cette capacité élargie de détection permet aux cliniciens d’établir un diagnostic beaucoup plus complet en cas d’infections pulmonaires.
Au-delà du diagnostic, le mNGS s’est également révélé utile pour orienter le choix du traitement. Chez 133 patients, les médecins ont modifié la stratégie antibiotique en fonction des résultats de l’analyse mNGS, et dans 40,6 % des cas, cette adaptation a permis d’instaurer un traitement mieux ciblé. Bien qu’un seul cas ait conduit à une antibiothérapie inutile, les résultats confirment la valeur de cet outil pour optimiser la prise en charge des patients.
Le mNGS est particulièrement performant pour détecter des pathogènes difficiles à identifier par des tests classiques, comme Mycobacterium tuberculosis, Mycoplasma pneumoniae, Chlamydia psittaci, ou encore les champignons Pneumocystis jirovecii et Talaromyces marneffei. Ces pathogènes, souvent ignorés par les méthodes standards, ont été clairement identifiés grâce à cette technologie.
En simplifiant le processus de détection et en augmentant à la fois la sensibilité et le spectre des agents détectables, le mNGS s’impose comme un outil prometteur pour renforcer la précision du diagnostic et la pertinence des traitements dans les infections respiratoires.
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L’équipe de rédaction Tempo Today
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