Épidémie de choléra au Yémen : identification de gènes favorisant la résistance aux antibiotiques

Une collaboration internationale de recherche impliquant des scientifiques du Wellcome Sanger Institute, de l’Université de Toronto, de l’Institut Pasteur et de l’Université de Sanaa, a permis d’identifier l’origine de la résistance aux antibiotiques apparue chez les bactéries responsables de l’épidémie de choléra qui sévit actuellement au Yémen. Les résultats de leur étude, publiés 28 septembre 2023 dans la revue Nature Microbiology, soulignent l’importance d’une surveillance génomique continue des pathogènes pour contrôler l’émergence de souches multirésistantes aux antibiotiques.

Le Yémen connaît l’épidémie de choléra la plus sévère de l’Histoire moderne, avec plus de 2,5 millions de cas et au moins 4 000 décès depuis 2016. Le choléra est une maladie infectieuse épidémique causée par le vibrion cholérique, une lignée de la bactérie Vibrio cholerae (V. cholerae) produisant la toxine cholérique.

La maladie se manifeste dans ses formes sévères par des diarrhées et vomissements intenses à l’origine d’une déshydratation pouvant entraîner la mort en quelques heures. La réhydratation est la base du traitement du choléra mais les antibiotiques contribuent à réduire la durée de la maladie, ce qui limite le risque de complications pour le patient ainsi que le portage et l’excrétion du vibrion cholérique. Par ce biais, le risque de propagation du choléra à d’autres individus est diminué. Une classe d’antibiotiques, les « macrolides », a été largement prescrite au Yémen jusqu’au début de l’année 2019 pour traiter les cas modérés à graves de choléra chez les femmes enceintes et les enfants, une population fortement touchée.

Cependant, à partir de 2018, les professionnels de santé ont observé une tendance inquiétante : les patients ne répondaient plus à ces traitements de première ligne.

Dans cette nouvelle étude, des chercheuses et chercheurs du Wellcome Sanger Institute, de l’Université de Toronto, de l’Institut Pasteur et de l’Université de Sanaa et leurs collaborateurs ont entrepris d’identifier la cause de cette antibiorésistance croissante en analysant 260 échantillons d’ADN de V. cholerae isolés au Yémen entre 2016 et 2019.

L’équipe a découvert qu’au cours de l’épidémie au Yémen, un vibrion cholérique contenant des éléments génétiques permettant une multirésistance aux antibiotiques s’était imposé, probablement en raison de la généralisation de l’usage des antibiotiques à cette époque.

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