Résistance prolongée dans le microbiote intestinal après un traitement court à la ciprofloxacine

Soixante adultes en bonne santé ont reçu 500 mg de ciprofloxacine deux fois par jour pendant cinq jours. L’analyse métagénomique de 960 échantillons de selles, collectés sur 20 semaines, a permis de suivre l’évolution de 5 665 populations bactériennes, identifiant plus de 2,3 millions de variantes génétiques.

Parmi ces populations, 513 ont montré des signatures d’évolution adaptative, avec des mutations récurrentes dans le gène gyrA, connu pour sa contribution à la résistance aux fluoroquinolones. Ces mutations sont apparues de manière indépendante chez 34 participants et ont persisté au-delà de 10 semaines, sans signe de réversion. D’autres mutations associées à la résistance ont été identifiées dans des gènes supplémentaires, mais moins fréquemment.

Les mutations ont surtout émergé dans des populations bactériennes abondantes avant traitement et ayant subi une forte diminution pendant l’exposition. Les résistances observées n’étaient associées à aucun coût en termes de condition physique bactérienne, ce qui a permis à ces souches de rester dominantes après la fin du traitement.

Ces résultats montrent que même une exposition courte à un antibiotique peut induire une résistance persistante chez des bactéries commensales, indépendamment d’un contexte infectieux. La stabilité de ces mutations et leur émergence prévisible en fonction de la composition microbienne initiale soulignent l’intérêt de mieux surveiller le microbiote avant et pendant un traitement antibiotique.