Une nouvelle méthode pour étudier et détecter le sars-cov-2

Depuis le début de la pandémie, un enjeu majeur est d’étudier la biologie du virus dans les cellules et détecter sa présence dans des organes ou patients infectés. Pour cela, il faut des outils permettant de le visualiser par microscopie. « Plusieurs techniques existent actuellement, mais la plupart ont des limitations, soit parce qu’elles sont indirectes, chères ou peu robustes. Par exemple, on peut utiliser des anticorps pour révéler des protéines du virus, mais l’obtention de ces anticorps est longue et coûteuse, leur sensibilité est compromise par les variants et la présence de protéines virales dans une cellule n’implique pas forcément que le virus s’y réplique activement », explique Christophe Zimmer, responsable du laboratoire Imagerie et modélisation à l’Institut Pasteur.

Pour visualiser le génome viral lui-même, des chercheurs de l’Institut Pasteur, de l’Inserm et de l’APHP ont développé une nouvelle méthode. Cette méthode, appelée CoronaFISH, a pour but de marquer l’ARN du virus directement en se basant sur l’hybridation in situ, une technique qui permet de repérer une partie (« séquence ») spécifique de l’ARN en s’accrochant à ses composants, les nucléotides, par complémentarité. En effet, pour chaque séquence il existe une séquence dite complémentaire qui s’accrochera naturellement à la molécule d’ARN. « Cette méthode utilise une batterie de sondes constituées de fragments d’ADN liés à des molécules fluorescentes et complémentaires de la séquence de l’ARN viral » indique Florian Mueller, du même laboratoire, et l'un des auteurs principaux de l'article. « Ainsi, si le virus est présent, les oligonucléotides s’accrochent à l’ARN viral, qui devient donc visible par fluorescence sous un microscope », poursuit-il.

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